форумы о стоматологии на zub-zub.ru

Про вкладки ортопед мне сказал, что они не вынимаются, только если вместе с зубом.

Вынимаются, но есть риск перелома корня.
Потому ваш врачи не стал рисковать, оставив каналы в таком состоянии. Если бы зуб болел, то вариантов не было бы, пришлось бы вынимать вкладку. А так, я бы тоже не трогала.
Что касается второго вопроса:

Материал сплава как-то может влиять и/или препятствовать повторному развитию кист и гранулем?

Нет, здесь исключительно цена вопроса. Готовы ли вы поставить дорогостоящую конструкцию на тот зуб, где каналы прошли не полностью? И при необходимости потом все удалить и переделать?
Если да. то ставьте на золоте. Это не имеет значения, так как зуб может простоять очень долго, особенно, если он не беспокоит. Совсем не обязательно, что он должен начать болеть.